Το κάστρο, που δόθηκε σαν τιμάριο στην οικογένεια του Βιλεαρδουίνου δεν έμεινε για πολύ στα χέρια των φράγκων. Τον επόμενο χρόνο (1206) οι Βενετοί , που αναζητούσαν νέους ναυτικούς σταθμούς για την εξυπηρέτηση του εμπορίου , πέτυχαν να γίνουν κύριοι της Κορώνης, << που έγινε σταθμός εφοδιασμού απ όπου τα πλοία που περνούσαν , έπαιρναν ενός μηνός εφόδια – έθιμο που διατηρήθηκε όταν η πόλη έγινε κανονική βενετσιάνικη αποικία>>. Ο Βιλεαρδουίνος υποχρεώθηκε λίγο αργότερα να υπογράψει ειρήνη με τη Βενετία , τις ναυτικές δυνάμεις της οποίας γρήγορα κατάλαβε πως θα είχε ανάγκη και το 1209 επικυρώθηκε η κυριαρχία της στην Κορώνη ,όπως επίσης και στη Μεθώνη και σε όλες τις παραλιακές θέσεις της Μεσσηνίας , νότια κόλπου του Ναβαρίνου. Ετσι, όπως έγραψε ο κ.Andrews << κάτω από τη διακυβέρνηση της Βενετίας η Μεθώνη και η Κορώνη είχαν κοινή ιστορία ή μάλλον απουσία ιστορίας , αφού το ενδιαφέρον της Βενετίας ήταν να κρατάει όσο γινόταν μακρύτερα τη ιστορία από τις κτήσεις της>>. Οι Βενετοί , εκτός από την ισχυρή οχύρωση , που κατασκεύασαν στο κάστρο της Κορώνης, οργάνωσαν τη ζωή και τη διοίκηση της πόλης , πάντοτε σύμφωνα με το συμφέρον της Βενετίας. Η πόλη απέκτησε μεγάλη ακμή και έγινε ονομαστή για τη βιοτεχνία της και το εξαγωγικό της εμπόριο. Η αίγλη της σημειώνεται στα οδοιπορικά των διαφόρων Ευρωπαίων προσκυνητών, οι οποίοι υποχρεωτικά στάθμευαν στην περιοχή είτε για ανεφοδιασμό , είτε για να επισκευάσουν τα πλοία τους. Σύμφωνα με τις αφηγήσεις τους μέσα στο κάστρο φαίνεται πως κατοικούσαν όχι μόνο οι Βενετοί αλλά και οι έλληνες, έμποροι και βιοτέχνες. Με βάση την κοινωνική διαστρωμάτωση διαμορφώθηκε και η οικιστική ανάπτυξη της περιοχής , που μέχρι σήμερα προκαλεί ενδιαφέρον. Το 1532 η Κορώνη καταλήφθηκε από τον συμμαχικό στόλο του αυτοκράτορα Καρόλου 5ου , του πάπα και των Ιπποτών της Μάλτας με επικεφαλής τον Γενουάτη ναύαρχο Andrea Doria και με τη βοήθεια των ντόπιων κατοίκων, που ήλπιζαν στην απελευθέρωση τους. Στα 1534 οι συμμαχικές δυνάμεις εγκατέλειψαν την Κορώνη και πήραν μαζί τους περισσότερους από 2000 κατοίκους για να τους εγκαταστήσουν μετά από φοβερές περιπέτειες στη Κάτω Ιταλία. Το 1685 ο Μοροζίνι ανακατέλαβε την Κορώνη και ανέπεμψε ευχαριστήρια δέηση στην παλιά καθολική μητρόπολη. Στη Βενετία η είδηση προκάλεσε μεγάλους πανηγυρισμούς.